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Das heutige Gemeindegebiet umfasst eine Fläche von rund 11,5 Quadratkilometern, davon ist rund 1/5 mit Wald bewachsen. Affoltern ist eine von 39 Gemeinden des Verwaltungskreises Emmental. Der höchste Punkt befindet sich auf der Lueg (887 m ü.M.).