Die Gemeinde Affoltern i.E. arbeitet im Bereich Sekundarstufe I eng mit der Gemeinde Rüegsau zusammen. Unsere Schülerinnen und Schüler auf dem Niveau Sek besuchen die Sekundarschule in Rüegsau. An der Schule Affoltern wird eine Realklasse mit mehreren Jahrgängen von der 7. bis zur 9. Klasse geführt. Die Spezial- und Gruppenräume werden gemeinsam mit der Primarstufe genutzt.